A finales del siglo XVI y principios del XVII, la creación de las Academias Científicas impulsa la investigación extra universitaria con un importante entusiasmo e impulso enlazando con la plena revolución científica propia de la nueva centuria. Las primeras academias aparecen en Italia (Roma y Florencia), poco después en Inglaterra (Royal Society) y en Francia (Académie des Sciences y la Societée Royale de Medicine). La primera academia científica española se fundó en Sevilla en 1697 para promover la investigación y la publicación de los resultados con una gran influencia en la formación de los nuevos médicos. La formación era cada vez más clínica, dejando de ser exclusivamente teórica y en este sentido la enseñanza clínica de la Universidad de Leyden tuvo una extraordinaria fama e influencia durante las dos centurias reseñadas y a su cabeza se encuentra la figura médica más representativa de la enseñanza: Herman Boerhaave, con sus nuevos textos médicos las “Instituciones Médicas” y los “Aforismos” fueron sustituyendo progresivamente la enseñanza galénica de los claustros docentes. Leyden, Edimburgo y Viena se sitúan a la cabeza del progreso en Europa.

En el siglo XVII la fisiología experimental de William Harvey (1578-1657), la fisiología mecánica de Pierre Gasendi (1592-1655), Robert Boyle (1627-1657), Isaac Newton (1642-1727), así como la recuperación del método docente clínico de Hipócrates por parte de Thomas Sydenham (1624-89) influyen poderosamente en las teorías médicas, en la práctica clínica y en la enseñanza de la Medicina.

A principios del siglo XVII, a pesar de los progresivos cambios, aún se mantienen los principios del siglo anterior que se ven modificados por la creciente observación y docencia médica en los hospitales.

Durante las dos centurias se asiste al creciente uso educacional de los hospitales que se transforman o se crean nuevos establecimientos a través del Estado y sus estamentos militares o por iniciativas privadas con finalidades sociales o filantrópicas. La enseñanza de la medicina crea por primera vez el concepto de donde tenía un marco idóneo la instrucción teórica con la enseñanza clínica práctica. Los estudiantes y los médicos encontraron el lugar donde adquirir mayor experiencia a través de los enfermos hospitalizados aproximándose en sus prácticas los médicos y los cirujanos. Se va conociendo la anatomía patológica a través de las autopsias clínicas que dan a conocer las causas de la enfermedad. Un representante de estas ideas fue Giovanni Battista Morgagni (1682-1771) en Padua.

El siglo XVIII sigue atestiguando el auge del hospital para la enseñanza de la Medicina junto con el aumento del prestigio del médico que dedica parte de su tiempo a la práctica hospitalaria junto con otras actividades privadas. El “nuevo” hospital docente es el antecesor del actual hospital universitario al que acudían los alumnos para aprender las habilidades clínicas, incluyendo las técnicas para el diagnóstico junto con la confección y comentario de las historias clínicas. La rápida aceptación, en los inicios del siglo XIX, del estetoscopio por R.T.H. Laënnec (1781-1826) atrajo a numerosos estudiantes para aprender la nueva tecnología en los hospitales de París.

Este nuevo hospital docente enseña Medicina, atiende a los enfermos agudos o crónicos, a los heridos de guerra y sus secuelas (importancia de los hospitales militares) y partos en el inicio de la moderna obstetricia. En el hospital se procede a la visita de las salas con los profesores encargados de las mismas y se asiste a la discusión de las historias clínicas junto con cursos de teoría y la obligación de asistir a las autopsias clínicas para comprobar el sustrato de los signos y síntomas de la enfermedad con una creciente mentalidad anatomo-clínica y como ya se comentó están a la cabeza de este pensamiento ilustres médicos como William Cullen (1710-1790) en Edimburgo y G.B. Morgagni (1682-1771) en Padua.

Las nuevas técnicas diagnósticas van convirtiendo a la Medicina en una naciente ciencia clínica dotada de rigor y cada vez menos subjetiva. En el intermedio entre el siglo XVIII y el XIX los profesores de Medicina como Pierre Louis (1787-1872), trabajando en el hospital de la Charité parisino, imponen el método numérico correlacionando los signos y los síntomas de la enfermedad con los hallazgos necrópsicos. El deseo es comprobar los “hechos” con la ayuda de las crecientes ciencias básicas especialmente la física, la química y la biología. La mentalidad anatomo-clínica se va imponiendo desde las escuelas parisinas hasta las facultades de Medicina de Universidades como Leyden, Edimburgo o Viena.

En los últimos años del siglo XVIII la unificación de la medicina y la cirugía es una de las características del París de la Revolución Francesa intentando desmantelar el clásico concepto de ubicar a los médicos en la Universidad y a los cirujanos en el hospital. Los estudiantes de medicina o de cirugía acuden a una única facultad con unos años comunes de estudio para después obtener la especialidad médica o quirúrgica en posteriores años académicos al mismo tiempo que incrementan su experiencia en las salas del hospital. La enseñanza de la medicina se hace común para médicos y cirujanos. Desde 1803, en Francia, los estudiantes de Medicina pueden obtener un primer grado académico como “oficial de la salud” designado para la práctica rural o un doctorado en medicina o en cirugía (a partir de 1892 estos tres grados se unificarían).