A medida que la Medicina se iba transformado en una “ciencia clínica” a lo largo del siglo XVIII, la llegada del nuevo siglo afianza la enseñanza al lado de la cama del enfermo (fundamentalmente en las salas del hospital), la observación, la creciente investigación objetiva de los hechos a través de la experimentación y de los hallazgos de las autopsias clínicas que relacionaban signos y síntomas de la enfermedad con los datos del anfiteatro anatómico. El recién llegado siglo XIX recoge el ideal pedagógico acuñado en la centuria anterior: hospital y sala de autopsia como máximos exponentes de la mentalidad anatomo-clínica que dio auge a los estudios anatómicos y quirúrgicos. Con razón se llamó al siglo XVIII como el “siglo de los cirujanos” desde que en 1724, Luis XV de Francia, fundara el Colegio de San Cosme en París para que posteriormente Chopart y Desault crearan la Escuela Práctica de Cirugía. Se incrementaron los centros quirúrgicos destinados a formar cirujanos del Ejército y de la Armada. Como ejemplo se erigió el monumental “Josephinum” en Viena, destinado a la formación de los cirujanos militares del Imperio Austro-húngaro, o la creación, en la España borbónica, de los Reales Colegios de Cirugía, como el de Cádiz (1748), al que siguió el de Barcelona (1764) y más tarde el de San Carlos de Madrid, este último para cirujanos civiles.

Los inicios del siglo XIX se abren con el debate acerca de qué es lo mejor para enseñar a los estudiantes de Medicina y hacerles buenos científicos al lado de la cama del enfermo. La física, la química, la biología y la patología celular harían buenos científicos aptos para la investigación en el laboratorio, pero sin olvidar la clínica hospitalaria base de la experiencia y de la observación directa al lado de la cama del enfermo. Al menos desde 1840 en los países germánicos, en 1860 en Francia, y en 1870 y 1880 en Reino Unido y en Estados Unidos, surgen numerosas controversias alrededor de las reformas en la enseñanza de la Medicina para elegir el método docente mejor. El conflicto se centra en: ciencia clínica al lado de la cama del enfermo o ciencia de laboratorio; habilidades para la práctica o conocimientos para la investigación; cualificaciones humanísticas o técnicas; médicos generales o especialistas; prácticos o académicos; universidad, hospital o institutos de investigación con numerosos laboratorios. Polémica entre la medicina práctica y la medicina académica. Prácticos frente a científicos que se convierten en una élite médica que desde las facultades, los institutos de investigación con sus laboratorios dictan todas las formas de la enseñanza de la medicina.

El modelo científico basado en el laboratorio de investigación o “modelo alemán” tiene su máxima expresión en las Universidades de Heidelberg, Leipzig, Munich, Göttingen y Berlín. Por ejemplo en Heidelberg, 1858, se exige a los estudiantes de medicina cursos de laboratorio en fisiología y química al mismo tiempo que se crea la cátedra de fisiología ofrecida a Hermann Helmholtz. Por el contrario el “modelo francés” se inclina más hacia la clínica hospitalaria, en sus salas, y al lado de la cama del enfermo, dando renombre a los grandes clínicos de la escuela francesa.

Básicamente el modelo clínico francés basado en la mentalidad anatomo-clínica convierte al hospital en la pieza clave para la enseñanza de la medicina en un sentido más práctico y menos científico (el modelo se aceptó en España). Por el contrario el modelo científico alemán confiere el predominio al laboratorio y a la investigación como pieza clave en la enseñanza del alumno de medicina.

A mediados del siglo XIX el modelo alemán se va imponiendo en las facultades de medicina de Europa y las reformas educativas refuerzan el estudio de las ciencias básicas y biomédicas.